庭園は石川丈山作もしくは小堀遠州が造った庭で、清流を導いた奥行きのある池泉廻遊式。
亀頭石、舟石が池に表情を与えている。本堂前に六角燈籠（蓮華寺型燈籠）がある。
書院の室内から紅葉の庭を一望する。
紅葉と緑の苔が見事なコントラストを描き、池に映る紅葉が吸い込まれる様に美しい。
紅葉の遅い時期に行くと、じゅうたんのように敷き詰められた風景がたいへん趣がある。
見頃が長く混雑が少ない紅葉の穴場としても知られる。
バスは、11月15日～月末は昼夜ともに混むが、今出川通から北はスイスイ動く。
左京区の北は、曼殊院・詩仙堂・蓮華寺のほか、内外でも有名な紅葉の木々が映る「床もみじ」の実相院もあるので、自転車で3~4か所を回るという荒業もおすすめする。
ただし実相院はいつも混んでいるし「床もみじ」の撮影は禁止になったので、蓮華寺のようなベストショットは撮れない。
詳しくは、京都の紅葉ベスト3などの →特集ページ「京都の紅葉 Autumn leaves」に載っている。